En août 2024, l'OMS déclare l'épidémie de mpox en République démocratique du Congo (RDC), puis dans les pays voisins, comme une urgence de santé publique de portée internationale. La rapide propagation d'une nouvelle souche depuis l'est de la RDC vers d'autres pays a rendu indispensable un diagnostic fiable, pour évaluer l'ampleur et orienter la réponse à l'épidémie. Une étude menée par l'Université de Genève (UNIGE), l'Institut de médecine tropicale d'Anvers (Belgique) et l’Institut national de recherche biomédicale (RDC) a analysé plus de 2700 résultats de tests PCR pour le mpox dans quatre villes congolaises — Goma, Kamituga, Kinshasa et Uvira — entre avril 2024 et avril 2026. Près de 35 % des échantillons déclarés positifs ne correspondraient pas à de véritables infections, mais à une contamination de l'environnement par de l'ADN viral du mpox. Publiée dans The Lancet Infectious Diseases, cette étude a des conséquences concrètes, tant pour la surveillance épidémiologique que pour les personnes diagnostiquées à tort.

Le mpox est une maladie virale caractérisée par de la fièvre et une éruption cutanée caractéristique pouvant provoquer des lésions cutanées douloureuses et défigurantes et, dans certains cas, des complications graves ou mortelles. Une détection rapide et fiable des cas est essentielle pour évaluer l'ampleur d'une épidémie, cibler la vaccination, ajuster les mesures de santé publique et ralentir la transmission, en particulier dans des contextes où les ressources sont limitées.

Le test PCR joue un rôle central dans le diagnostic du mpox, dont les symptômes cliniques ne sont pas spécifiques. Mais lorsqu’un même schéma inhabituel est apparu dans les résultats de plusieurs centres de traitement différents, l'équipe dirigée par Andrew Azman, professeur associé à l'Institut de santé globale et au Centre des maladies virales émergentes de la Faculté de médecine de l'UNIGE, a été interpellée. Au lieu d'une distribution continue des valeurs de CT (l'indicateur reflétant la quantité de virus détectée dans un échantillon — plus la valeur est basse, plus la charge virale est élevée), les résultats se répartissaient nettement en deux groupes distincts.

«Le premier groupe correspondait à des valeurs basses, compatibles avec une charge virale élevée et donc avec une infection active réelle», explique le chercheur. «Le second groupe se situait juste au seuil de détection, ce qui indique une charge virale extrêmement faible — atypique pour une infection réelle, mais typique d'une trace virale résiduelle. Ce qui est frappant, c'est que cette séparation nette entre les deux groupes est apparue de manière quasi identique sur les quatre sites, ce qui semble difficilement relever du hasard».

Surfaces contaminées

Pour comprendre, l'équipe a prélevé des échantillons sur des surfaces dans les zones de traitement de deux centres de soins. De nombreuses surfaces se sont révélées positives à des traces du virus, contrairement aux surfaces en dehors des zones de traitement. Comme l'ADN du mpox est très stable et peut persister plusieurs semaines sur les surfaces, voire rester présent dans l'air des centres de traitement, cette contamination environnementale a vraisemblablement été captée par erreur lors de prélèvements ultérieurs, sans lien avec une infection réelle.

«Nous avons également examiné les données sérologiques disponibles», explique Megan O'Driscoll, première autrice de l'étude et chercheuse post-doctorale à l'Institut de santé globale. «Environ 89% des personnes que notre modèle identifie comme de faux positifs ne présentaient effectivement aucune trace d'anticorps contre le virus».

Dans une étude séparée de plus petite envergure, l'équipe a testé les échantillons de patient-es suspecté-es de mpox pour plusieurs autres virus provoquant des éruptions cutanées. La plupart des individus étaient porteurs d'autres virus, comme la varicelle ou la rougeole; seuls quelques-uns étaient réellement positifs au mpox.

Ajuster le seuil de positivité

Ces faux diagnostics ont des conséquences bien réelles pour l'allocation des ressources de santé publique, mais aussi pour les personnes concernées: traitements inutiles, hospitalisation ou mise en quarantaine dans un centre de traitement du mpox, sans oublier la stigmatisation sociale liée à la maladie et le risque bien réel de contracter une véritable infection sur place.

«La solution la plus simple et la plus rapide consiste à abaisser le seuil de positivité du PCR», estime Andrew Azman. «Un seuil plus bas réduit considérablement le nombre de faux positifs sans augmenter significativement le nombre de faux négatifs, une proposition actuellement à l'étude avec les autorités compétentes. À plus long terme, cela montre aussi qu'il faut améliorer la formation du personnel de laboratoire dans des contextes à ressources limitées comme ici, afin de repérer ces anomalies en temps réel, plutôt qu'une fois l'urgence aiguë passée».

Cette étude s'inscrit dans le mandat du Centre pour les maladies virales émergentes de Genève, centre collaborateur de l'OMS pour le diagnostic, qui accompagne plusieurs pays dans l'amélioration de leurs pratiques diagnostiques.